Được thành lập vào năm Minh Mệnh thứ 12 (1831), Hưng Yên gồm 2 phủ: Khoái Châu (Đông Yên, Kim Động, Ân Thi, Phù Cừ) của trấn Sơn Nam và Tiên Hưng (Thần Khê, Hưng Nhân, Duyên Hà, Tiên Lữ) của trấn Nam Định vốn là khu vực thuộc bộ Dương Tuyền thời Hùng Vương, huyện Chu Diên thời Bắc thuộc, phủ Thái Bình thời Ngô, Đinh và Tiền Lê, Khoái Lộ và Đằng Lộ rồi Khoái Châu và Đằng Châu thời Lý, lộ Long Hưng và lộ Khoái thời Trần. Dưới thời thuộc Minh, vùng đất này thuộc phủ Kiến Xương.
            Sau nhiều thay đổi, đến cuối thời Lê đầu thời Nguyễn, phủ Khoái Châu thuộc trấn Sơn Nam Thượng (Hưng Yên, Thái Bình), còn Phủ Tiên Hưng thuộc trấn Sơn Nam Hạ (Nam Định). Như vậy, trước khi Pháp xâm lược, Hưng Yên là một tỉnh nằm ở cả hai phía sông Luộc.
            Năm 1858, thực dân Pháp xâm lược nước ta, chúng đánh chiếm Hưng Yên và sau khi đàn áp xong cuộc khởi nghĩa Bãi Sậy, thực dân Pháp cắt các huyện Yên Mỹ, Mỹ Hào, Văn Lâm thuộc đạo Bãi Sậy vào Hưng Yên và đưa các huyện Thần Khê, Hưng Nhân, Duyên Hà về Thái Bình.
          Ngày 25-2-1980, Toàn quyền Đông Dương ra Nghị định thành lập đạo Bãi Sậy, gồm 4 huyện:
            - Yên Mỹ, được thành lập từ một số tổng huyện Đông Yên, Ân Thi của tỉnh Hưng Yên; một số tổng của huyện Mỹ Hào của tỉnh Hải Dương, một số tổng của huyện Văn Giang, tỉnh Bắc Ninh.
- Mỹ Hào, gồm các tổng còn lại sau khi cắt sang huyện Yên Mỹ.
- Cẩm Lương, gồm một số tổng của ba huyện Văn Giang, Gia Lâm và Siêu Loại tỉnh Bắc Ninh.
- Văn Lâm bao gôm các tổng của huyện Văn Lâm.
            Ngày 21-3-1890, Toàn quyền Đông Dương lại ra Nghị định thành lập tỉnh Thái Bình, theo đó huyện Thần Khê từ Hưng Yên cùng hai phủ Thái Bình, Kiến Xương của Nam Định về tỉnh mới.
             Năm 1891, Toàn quyền Đông Dương ra Nghị định 12-4 và Quyết định 23-11 bãi bỏ đạo Bãi Sậy, nhập các huyện Yên Mỹ, Mỹ Hào, Văn Lâm về Hưng Yên. Huyện Cẩm Lương, phần thuộc Cẩm Giàng trả về nơi cũ, phần thuộc Lương Tài – Siêu Loại đưa vào Văn Lâm, Mỹ Hào.
            Ngày 28-11-1894, Toàn quyền Đông Dương ra Nghị định chuyển huyện Tiên Lữ thuộc phủ Tiên Hưng sang phủ Khoái Châu; hai huyện còn lại là Hưng Nhân và Duyên hà sáp nhập vào tỉnh Thái Bình. Kể từ đây, sông Luộc trở thành ranh giới tự nhiên giữa Hưng Yên và Thái Bình.
             Cách mạng Tháng Tám năm 1945 thanh công, Hưng Yên vẫn là đơn vị hành chính cấp tỉnh trực thuộc Uỷ ban hành chính Bắc Bộ.
            Ngày 6-6-1947, Liên Bộ Nội vụ - Quốc phòng đã ra Nghị định số 79 NV-QP/NgĐ chỉ rõ: “Về phương diện kháng chiến và hành chính, huyện Văn Giang trước thuộc tỉnh Bắc Ninh, Khu 12 nay thuộc Khu 3. Huyện Văn Lâm trước thuộc Hưng Yên, Khu 3 nay thuộc Khu 2.”
            Ngày 20-10-1947, Liên Bộ Nội vụ - Quốc phòng lại ra Nghị định số 167 NV-QP/NgĐ ghi rằng huyện Văn Lâm trước thuộc quyền điều khiển cuả Uỷ ban kháng chiến Khu 12, nay sáp nhập vào tỉnh Hưng Yên và để dưới quyền điều khiển của Uỷ ban kháng chiến Khu 3 về phương diện kháng chiến và hành chính.
            Ngày 28-11-1948, Chủ tịch nước ra Sắc lệnh số 263-SL đưa huyện Gia Lâm (kể cả Ngọc Thuỵ) thuộc tỉnh Bắc Ninh sáp nhập vào tỉnh Hưng Yên.
          Ngày 7-11-1949, Chủ tịch nước ra Sắc lệnh 127-SL đưa toàn bộ huyện Gia Lâm và xã Ngọc Thuỵ trở lại Bắc Ninh. Đến lúc này, tỉnh Hưng Yên bao gồm 117 xã chia làm 9 huyện (Văn Lâm, Văn Giang, Mỹ Hào, Khoái Châu, Kim Động, Ân Thi, Tiên Lũ, Phù Cừ, Yên Mỹ) và thị xã Hưng Yên thuộc Liên khu 3.
  Đến năm 1954, sau khi Hiệp đinh Giơnevơ được kí, cùng với nhân dân toàn miền Bắc, Đảng bộ và nhân dân tỉnh Hưng Yên cùng nhau góp sức khôi phục kinh tế, ổn định chính trị, xây dựng chủ nghĩa xã hội. Tuy nhiên, các đơn vị hành chính của tỉnh cũng có một số thay đổi nhỏ như sau;
-         Đổi tên một số phố trong Thị xã Hưng Yên
-         Điều chỉnh địa giới của một số huyện
-         Đổi tên một số xã thuộc huyện Phù Cừ
-         Chia các xã thuộc huyện Phù Cừ
-         Chuyển xã văn Đức từ huyện Văn Giang sang huyện Gia Lâm (20-4-1961).
Ngày 26-01-1968, Uỷ ban Thường vụ Quốc hội ra Nghị quyết số 504-NQ/TVQH phê chuẩn việc hợp nhất hai tỉnh Hưng Yên và Hải Dương thành một tỉnh lấy tên là Hải Hưng, đặt tỉnh lỵ tại thị xã Hải Dương.
Để phù hợp với tình hình mới, một số huyện được hợp nhất lại để có quy mô lớn hơn.
- Ngày 11-1977, Hội đồng Chính phủ có Quyết định số 58-CP về việc hợp nhất hai huyện Văn Giang và Yên Mỹ thành huyện Văn Yên.
- Ngày 24-2-1979, Hội đồng Chính phủ ra Quyết định số 70-CP về việc hợp nhất hai huyện Kim Động và Ân Thi thành huyện Kim Thi; huyện Văn Mỹ và Văn Yên (trừ các xã cũ của Văn Giang) thành huyện Mỹ Văn; Khoái Châu và 9 xã của Văn Giang cũ và 5 xã của Yên Mỹ cũ thành huyện Châu Giang. Hai huyện Phù Cừ và Tiên Lữ thành huyện Phù Tiên.
Ngày 6-11-1996, Quốc hội khoá X phê chuẩn việc chia tỉnh Hải Hưng thành Hải Dương và Hưng Yên. Ngày 01-01-1997, tỉnh Hưng Yên được tái lập gồm 6 đơn vị hành chính cấp huyện (thị xã Hưng Yên, Mỹ Văn, Châu Giang, Phù Tiên, Kim Động, Ân Thi) 159 xã, phường, thị trấn.
Nhằm hoàn chỉnh các đơn vị hành chính sau khi Hưng Yên được tái lập, ngày 24-02-1997, Chính phủ lại ra Nghị định số 17/CP chia huyện Phù Tiên thành hai huyện Phù Cừ và Tiên Lữ. Từ năm 1999 đến năm 2001 các huyện Yên Mỹ, Khoái Châu, Văn Giang, Văn Lâm dần được tái lập.Ngày 19/01/2009, thủ tướng chính phủ Nguyễn Tấn Dũng đã ra Nghị định 04/NĐ - CP thành lập thành phố Hưng Yên trực thuộc tỉnh Hưng Yên, một số xã của Kim Động (Bảo Khê) và Tiên Lữ (Trung Nghĩa, Liên Phương) được cắt về thành phố Hưng Yên.

Hiện tại, tỉnh Hưng Yên có 9 huyện (Văn Lâm, Văn Giang, Mỹ Hào, Yên Mỹ, Khoái Châu, Kim Động, Ân Thi, Tiên Lữ, Phù Cừ) và thành phố Hưng Yên.